En 1875, Alfredo Fransisco Pellas Canessa, originaire de Gênes en Italie, part en Amérique. Il faut alors six mois pour traverser le pays et Alfredo a l’idée de créer une route maritime entre la Côte Est et Ouest des Etats-Unis en passant par la Nicaragua, réduisant la durée du voyage à 35 jours en bateau à vapeur. Mais son idée est bientôt supplantée par la construction du canal de Panama et des rails ferroviaires aux Etats-Unis. En 1890, il fonde une plantation de canne à Chichigalpa (Nicaragua), au pied du volcan San Cristobal. La distillerie Compania Licorera de Nicaragua est construite par la famille Pellas en 1937 et les premiers embouteillages de Flor de Caña sortent la même année. Le premier rhum avec un compte d’âge sort en 1959, et la marque commence à s'exporter dans les pays voisins d’Amérique Latine. Après une première modernisation en 1963, une seconde distillerie voit le jour au Honduras en 1973. Les ventes chutent suite à la révolution politique de 1979 et à la montée de l'inflation. Flor de Caña se constitue alors un énorme stock de rhums vieux. Une seconde modernisation a lieu en 1996 et Flor de Caña commence à s’exporter dans le monde entier en 1999.

Flor de Caña 25 ans est une des éditions les plus âgées de la gamme avec le 30 ans.