Die aus Libourne stammende Kaufmannsfamilie Fontemoing gründete das Weingut Mitte des 17. Jahrhunderts. Sie besaß noch weitere Güter, darunter das Château Canon. Die Familie Giraud trat ihre Nachfolge an. Ende des 17. Jahrhunderts war der Wein als „Pomerol-Giraud Cru de Trotanoy“ bekannt. Der Name Trotanoy ist auf ein Merkmal seines außergewöhnlichen Terroirs zurückzuführen. Der Boden besteht aus einer Mischung von Tonkies und Ton. Er wurde als „zu mühselig“ beschrieben, weil er durch den erhöhten Tonanteil bei hohen Temperaturen steinhart wird und sich nur schwer bearbeiten lässt.
Im 19. Jahrhundert umfasste das Anwesen 25 Hektar, aber durch Verkäufe, Teilungen und Erbschaften halbierte sich die Fläche bis Ende der 1920er Jahre. Trotanoy wurde nach dem Krieg an die Familie Pecresse verkauft, 1953 dann an Jean-Pierre Moueix.

Die damals rund 25 Jahre alten Rebstöcke der Domaine hatten den starken Frost von 1956 überstanden, doch viele von ihnen waren geschwächt, sodass in den 1970er-Jahren eine umfassende Neupflanzung unternommen wurde. Dies erklärt die gewisse Leichtigkeit der in den 1980er-Jahren produzierten Weine. Die Weine werden nach denselben Methoden wie die von Petrus vinifiziert und reifen 12 bis 18 Monate lang in Barriques heran. Je nach Jahrgang schwankt der Anteil an neuem Holz zwischen 50 % und 66 %. Die Weine von bemerkenswerter Fülle und Intensität werden vor der Abfüllung nicht gefiltert und entwickeln schöne Kirsch- und Himbeeraromen. Mit großer Regelmäßigkeit, auch in den kleinen Jahrgängen der 1970er-Jahre, hat der Trotanoy heute sein bestes Niveau wiedererlangt. Seit 1995 ist er dem Petrus bei allen Verkostungen auf den Fersen.