Die Geschichte von Pape Clément lässt sich bis ins 13. Jahrhundert zurückverfolgen, als Bertrand de Goth, zu dieser Zeit Erzbischof von Bordeaux, die Ländereien geschenkt bekommt. Nachdem er 1306 zum Papst gewählt wird, nimmt er den Namen Clément V. an und benennt auch sein Gut in „Pape Clément“ um. Später hinterlässt er es dem Klerus von Bordeaux, der die Weine ausschließlich selbst konsumiert. Nach der Revolution geht das Weingut durch die Hände vieler Eigentümer, die es mehr und mehr verfallen lassen. Doch selbst ein heftiger Hagelschlag im Jahr 1937 schafft es nicht, der Legende ein Ende zu setzen. Glücklicherweise werden die Ländereien 1939 vom Agraringenieur Paul Montagne erworben, der mit der Neupflanzung von Rebstöcken und der Renovierung der Weinkeller die Wiedergeburt des Guts einläutet, bevor er es an seinen Sohn Léo übergibt. Ab 1953 entstehen eine Reihe guter Jahrgänge. Ab 1975 sinkt die Qualität aufgrund mangelnder Investitionen wieder. Der Eintritt von Bernard Magrez, einer führenden Persönlichkeit des Bordelais, als Miteigentümer im Jahr 1985 markiert die endgültige Rückkehr zu einer Produktion auf hohem Niveau. Dies ist auch der Beratung durch den berühmten Önologen Michel Rolland zu verdanken. Rolland praktiziert die nach Parzellen getrennte Vinifikation, welche Komplexität und Raffinesse garantiert: die Trauben verschiedener Parzellen können ihre jeweiligen Besonderheiten vor der Assemblage voll entfalten.

Der Zweitwein des Château Pape Clément wird aus den jüngsten Reben der Domaine erzeugt. Dieser Wein macht je nach Jahrgang ein Viertel bis ein Drittel der Gesamternte aus. Seit dem Jahrgang 1997 hat dieser Cru einen neuen Namen: Le Clémentin du Château Pape Clément.