Fondé en 1863 par Frédéric Mugnier, liquoriste dijonnais, ce très beau domaine de Chambolle-Musigny comprenait au début du XXè siècle une vingtaine d'hectares de vignes, situées sur Chambolle et Nuits-Saint-Georges. Les vins étaient à cette époque vendus sous l'étiquette Château de Chambolle-Musigny, et ce jusqu'à la création des AOC. Le domaine est exploité jusqu'en 1949 par les descendants de la famille. Entre 1950 et 1978, Jacques-Frédéric Mugnier, arrière-petit-fils du fondateur, met en fermage chez un grand négociant local l'ensemble du vignoble. Il reprend ensuite l'exploitation directe des vignes de Chambolle à partir de 1978. Ce sera son fils, Frédéric, (responsable du domaine depuis 1985) qui récupère en 2004 la partie du domaine encore en fermage, le Clos de la Maréchale à Nuits-Saint-Georges. Le domaine Mugnier passe alors d'un coup de 4 à 14 hectares !
Au domaine Jacques-Frédéric Mugnier le travail est extrêmement soigné, tant à la vigne qu'en cave. Lorsque Frédéric Mugnier reprend les rênes du domaine en 1985, les vignes étaient cultivées en agriculture conventionnelle, en accord avec les formations viticoles de l’époque. Progressivement, il abandonne la chimie qui lui avait pourtant été enseignée au lycée viticole de Beaune : les derniers herbicides sont utilisé en 1990 sur le domaine, pour être remplacés par un travail superficiel du sol et une couverture végétale spontanée ; quant aux insecticides, ils ont été abandonnés en 1995 et remplacés notamment par la méthode de la confusion sexuelle. Ce sont désormais essentiellement le soufre contre l’oïdium et le cuivre contre le mildiou qui sont utilisés dans les vignes, dans des quantités les plus faibles possibles (de l’ordre de 200 à 300 g par hectare pour le cuivre). La plupart des travaux sont effectués à la main et les méthodes préventives sont privilégiées, les équipes cherchent à travaille le plus naturellement possible et à respecter la biodiversité.
En cave, les vinifications sont peu interventionnistes et l’on prend son temps, notamment pour le musigny, qui vieillit longuement en bouteille avant d’être commercialisé.
Les vins du domaine, au style très pur et particulièrement délicat représentent pour de nombreux amateurs l'archétype d'un très grand pinot noir de Bourgogne. Le musigny Grand Cru et le chambolle-musigny 1er cru Les Amoureuses sont les deux vins emblématiques et les plus recherchés du domaine.

La minuscule parcelle des Fuées est située à la proximité immédiate de l'appellation Bonnes-Mares, sur un terroir plus minéral, plus « sérieux » que celui que des Chambolle traditionnels. Il en résulte un vin puissant et charpenté, qui nécessite 5 années de garde avant d'atteindre son apogée. Sa capacité de vieillissement est considérable, elle peut atteindre 20 à 30 ans dans certains millésimes.