Les vins du Jura sont indissociables de la figure de Louis Pasteur, originaire d'Arbois, la capitale du vignoble. C'est autour de cette petite bourgade et plus au sud, jusqu'à Saint-Amour, que s'étendent les vignes des Côtes du Jura, la plus vaste appellation jurassienne avec environ 500 hectares. Les cépages locaux se mêlent à ceux de la Bourgogne relativement proche, comme le Pinot Noir et le Chardonnay. Mais les vins du Jura doivent leur originalité et leur réputation à la fois à leurs cépages autochtones (dont le Poulsard ou Ploussard, le Trousseau et le Savagnin) et à leur caractère évolué, voire oxydatif, très distinctif. Les fameux vins jaunes, élevés six années sous voile (non ouillés), en font partie. Le vin de paille est également l'une des grandes productions du Jura. Le vin de paille est l'une des particularités du Jura. C'est un vin liquoreux, produit à partir d'une sélection des plus beaux raisins des vendanges et de leur passerillage : les grappes de raisin sont traditionnellement séchées plusieurs mois pour se concentrer en sucre et en goût sur des claies - autrefois en paille, d'où le nom - avant d'être pressurées. Le vin est élevé en fût durant trois ans minimum en petits tonneaux pour développer ses arômes de fruits confits, pruneau, miel, caramel, ou orange confite. Seules les AOC Côtes du Jura, Arbois et l'Étoile peuvent en produire et les rendements sont limités à 20hl/ha.